در جریان مذاکرات احیای برجام در اواخر دولت روحانی، اقدامات این رسانه باعث بروز انتقاداتی از سوی دست اندرکاران دولت دوازدهم شده بود. رسانه نزدیک به علی شمخانی پس از پایان دور اول مذاکرات غیرمستقیم ایران و آمریکا در عمان، در عملکردی عجیب، به انتشار واکنش‌های منفی به این مذاکرات پرداخت. این رسانه که پیش از این به «رسانه نزدیک به دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی» معروف بود، پس از کنار رفتن شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی، همچنان همان خطی که در آن زمان داشته را ادامه می‌دهد. در واکنش‌هایی که این رسانه منتشر کرده، یکی به نقل از فواد ایزدی چهره مشهور به مخالفت با مذاکره و دومی نیز حسین دهباشی از حامیان ابتدایی حسن روحانی بود که پس از مدتی به دلایلی به منتقد دولت روحانی و تیم مذاکره کننده هسته‌ای تبدیل شد. در رسانه‌های مخالف مذاکره، از دهباشی با عنوان «مستندساز حسن روحانی» یاد می‌شود. او «فضای احترام متقابل» که وزیر خارجه پس از پایان دور اول مذاکرات گفت را «مزخرف» توصیف کرده است و این رسانه نیز عینا آن را بازتاب داده است و در عین حال خبری از پوشش نظرات موافق مذاکرات نیست! حمود واعظی رئیس دفتر حسن روحانی در دولت دوازدهم در گفت‌وگویی پیرامون این رسانه گفته بود: «یک رسانه درست کرده بودند و یکسری مطالب در آن می‌گذاشتند که وقتی حرفی می‌زدیم، می‌گفتند این رسانه دبیرخانه نیست و رسانه یکی از افرادی است که اینجا کار می‌کند.