جواد اطاعت استاد علوم سیاسی و نماینده پیشین مجلس در یادداشتی اختصاص برای روزنامه ستاره صبح درباره درگذشت سید جواد طباطبائی نوشت:اواخر دهه شصت و اوایل دهه هفتاد شمسی اوج شکوفایی علمی و آموزشی دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران بعد از انقلاب بهمن 57 بود. در آن زمان اساتید برجسته و پیشکسوتی چون جواد شیخ‌الاسلامی، محمد رضوی، ابوالفضل قاضی، ناصر کاتوزیان، هوشنگ مقتدر، احمد ساعی و... از تیغ تسویه انقلاب فرهنگی رهیده و در این دانشکده حضور داشتند. علاوه بر آن اساتید جوان و پرشوری چون سید جواد طباطبایی، حسین بشیریه، سید حسین سیف زاده، جمشید ممتاز و... که از دانشگاه‌های اروپا و امریکا فارغ‌التحصیل شده بودند، برای فعالیت‌های علمی، پژوهشی به ایران بازگشته بودند.
امید جان تازه‌ای گرفته بود و انتظار می‌رفت پس از انقلابی توده‌ای و جنگی طولانی، ایران ققنوس وار از خاکستر خود برخیزد و با جبران مافات راه ترقی و توسعه در پیش بگیرد. بهترین جوانان ایران با شور و هیجانی وصف‌ناپذیر با حضور در این دانشکده که بعد از دارالفنون اولین نهاد علمی و آموزشی در ایران محسوب می‌شد و تحت عنوان مدرسه علوم سیاسی از آذر 1278 آغاز به کار کرده بود، پای در جای پای بزرگان تاریخ ایران گذاشته بودند تا راه و رسم اداره صحیح کشور را بیاموزند یا با اندیشه ورزی و تحول فکری، متفکران آینده ایران شوند.
آنان فراموش کرده بودند که ایران کشور چهار فصلی است که از پس بهار و تابستان، پائیز و زمستان نیز از راه خواهد رسید. در میان اساتید جوان سید جواد طباطبایی پرشورتر می‌نمود و به‌سرعت در میان اهل علم و قلم به‌عنوان استادی کامل و دانشوری فاضل شناخته شد و از مشاهیر ایران و از افاضل دوران گشت. او درخت اندیشه را چنان شاخ و برگ می‌داد و شهد کلام و حقیقت پیام را به‌گونه‌ای به دانش‌پژوهان منتقل می‌کرد که کلاس درس به مجلسی نغز مبدل می‌شد و مخاطب به وجد می‌آمد؛ اما او تواضع، فروتنی و شکیبایی امثال دکتر بشیریه را نداشت و در مقابل کژی‌ها، شعله جانش روشن‌تر می‌شد و بدون مداهنه، در عین استواری نظر و نکته اندازی‌های بدیع با رویکردی جسورانه بر حقیقت پای می‌فشرد، لذا او اولین کسی بود که اخراج شد و باید کرسی استادی را ترک می‌کرد که کرد و با علو طبعی که داشت حتی برای بردن وسایل شخصی‌اش به دانشکده برنگشت. بعد از او برخی اساتید نامدار این مرکز علمی و آموزشی دار فانی را وداع گفتند و برخی جلای وطن کردند.
دکتر طباطبایی با دهای تمام و خرد بسیار با کمال فضل و بلاغت، تاریخ اندیشه سیاسی در ایران و اسلام تدریس می‌کرد و این اندیشه‌ها را با غرب می‌سنجید؛ هدف اصلی وی فهم این نکته کانونی بود که زوال اندیشه به انحطاط ایران در گذشته انجامیده است.
استاد اندیشه سیاسی در هر ترم در هر مقاطع عالی، فقط یک اندیشمند سیاسی را تدریس می‌کرد. از طرفی هگل و ماکیاولی از غرب و از دیگر سو فارابی، ابن خلدون و خواجه نظام الملک یا به تعبیر وی ماکیاول شرق از دنیای اسلام تا در یک فرایند مقایسه‌ای تطبیقی امکان فهم فکر فلسفه سیاسی برای مخاطبان بهتر فراهم آید.
وی با تسلط کم‌نظیری که به زبان‌های خارجی داشت، کنه اندیشه را با ریشه‌یابی کلمات و لغات واکاوی نموده و بطن اندیشه فیلسوفان غربی و اسلامی را به دانشجویان به‌درستی انتقال می‌داد. او به خوبی دریافته بود که در دنیای اسلام تا زمانی که سیادت عقل بر نقل حاکم بود و این دین و آئین از زاویه عقل فهم و درک می‌شد راه بالندگی و اعتلا هموار بود، کما اینکه قرون چهارم و پنجم هجری اوج این غنای فکری و تمدنی بود؛ اما از زمانی که اخباریگری و حدیث گرایان و اهل نقل، عقل را به تعطیلی کشاندند، تمدن اسلامی نیز راه انحطاط در پیش گرفت.
اینجانب که از مهر 1371 در مقطع کارشناسی ارشد در دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران پذیرفته شده بودم، با اغتنام از فرصت پیش‌آمده با دکتر طباطبایی که علاوه بر فضیلت و خبرت علمی و فرهیختگی اخلاقی از تعهد ملی و میهنی بالایی برخوردار بود و با صلابت رأی و اندیشه از هویت و استقلال ملی دفاع می‌کرد، مأنوس شدم. دیرزمانی نگذشت که نقش او در دل همی آویخت و رنگ او به جان همی آمیخت، لذا از بخت همایون توفیق یافتم در همه کلاس‌های ایشان به‌صورت رسمی و یا غیررسمی حضور پیدا کنم و تا آخرین روزهای حضورش در دانشکده از خرمن دانش او خوشه برچینم.
آخرین باری که توفیق دیدار دکتر طباطبایی برایم فراهم شد، در همایش صدمین سالگرد مشروطه بود. وقتی یکدیگر را بعد از چند سال ملاقات کردیم، ایشان مرا به بغل گرفت، ناخودآگاه اشک از دیدگان هردو جاری شد. در این میان مرحوم احمد بورقانی که خدایش رحمت کند، ناظر ملاقات استاد و دانشجو بودند، او که از دست‌اندرکاران همایش بود، از من خواست که استاد را متقاعد کنم که در این همایش سخن بگویند. من با صدای بلند گفتم استاد حتماً در این نشست سخن خواهند گفت. دکتر طباطبایی فرمودند، مثل اینکه دنبال دردسر می‌گردی؟ روزهای آینده می‌خواهم از کشور خارج شوم و ممکن است به خاطر سخنرانی و مطالبی که مطرح می‌کنم، ممنوع‌الخروج شوم. من هم پاسخ دادم، شما حتماً سخنرانی خواهید فرمود؛ اما به گونه‌ای سخن بگویید که مشکلی پیش نیاید. اینجا بود که استاد با سکوت خود رضایت داده و در همایش مشروطه سخنرانی کردند که ارزش این نشست را دوچندان کرد و بر غنای علمی آن افزود. هنوز صدای استاد در این همایش در گوشم طنین‌انداز است.
آری اگرچه اخراج دکتر طباطبایی از پالیز علم و ادب و جدایی او از دانشجویانش برای وی تلخ و دردناک بود و نمی‌توانست با فراخ گویی اندیشه‌های خود را اشاعت و اذاعت دهد و با طالبان علم و دانش به مفاوضه و مقاوله نشسته و به محک نقد آنان یافته‌های علمی و فکری خود را بسنجد؛ اما این شرف اکابر علمی و دانشگاهی که در فضل به کمال و در گفتار بی‌مثال بود، تسلیم شرایط نشد و علیرغم تألم روحی با جد و جهدی عظیم و سعیی بلیغ با عقال عقل و معانات بسیار عزمش را جزم کرد تا با کوشش رنج افزایی این تحدید را به فراغت و فرصت تبدیل نموده، از حطام دنیاوی فطام یافته، پروژه خود را با تخمیر اندیشه و سخت‌کوشی کم‌نظیر تداوم بخشد.
او درخت اندیشه را به گونه‌ای بارور ساخت که شعله‌های آن تا سالیان دراز رخشان و آوازش خروشان خواهد ماند. آثار پرشمار و گنجینه علمی و فکری گران‌سنگی که او با مهارت کامل و ابداع فراوان به جامعه علمی و دانشگاهی و کسانی که دغدغه ایرانشهر دارند را از خود به یادگار گذاشت، رهروان این راه سترگ در حال و مآل، این میراث بزرگ را توشه مسیر پرفرازونشیب خود خواهند ساخت.
اگرچه مشاطه تقدیر بیش از این به استاد ما امان نداد و خامه پرجوش‌وخروشش از حرکت بازایستاد و اکنون او از دنیا گسسته و به عالم عقبی پیوسته؛ اما بی‌شک سید جواد طباطبایی به‌عنوان پژوهشگری ژرف‌اندیش یکی از تأثیرگذارترین و بزرگ‌ترین متفکران ایران است که علم نافع و رأی نافذ او چون در شاهوار خواهد درخشید و در آینده ایران تأثیرگذار خواهد بود.
نهال اندیشه‌ای که او غرس کرد و چراغی که برافروخت، بی‌شک به درختی تنومند و نوری فراگیر تبدیل خواهد شد. همان‌گونه که خود شارح نظریه و اندیشه بزرگانی چون هگل، فارابی، ابن خلدون، خواجه نظام الملک و... بود، دیگران با شرح و تبیین نظریات وی، عطر پنهان مانده اندیشه‌های او را وسعت و معنای بیشتری خواهند بخشید تا در ازمنه طولانی چراغ روشنی بخشی باشد که فکر سیاسی در ایران از پرتو پرفروغ آن جلا و استعلا یافته، راهنمای توسعه و بالندگی سرزمین سبز آمال‌ها، آرمان‌ها و آرزوها شود. بی‌شک این فخر ایران‌زمین به استظهار دانش سرشارش نقش و سهمی درخور در روشن آرای پگاه ایران‌زمین ایفا خواهد کرد. یادش گرامی و روحش در آرامش باد.